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我國科研團隊建成“數(shù)字家蠶”共享分析平臺

   日期:2023-11-15     來源:新華網(wǎng)    瀏覽:395    
核心提示:記者從西南大學資源昆蟲高效養(yǎng)殖與利用全國重點實驗室獲悉,實驗室代方銀教授團隊取得最新科研成果——“數(shù)字家蠶”共享分析平臺,對于推動家蠶泛基因組成果在功能基因組、基因組選擇和分子設計育種等方面的研究應用具有重要意義。相關研究成果近日在國際學術期刊《核酸研究》在線發(fā)表。

記者從西南大學資源昆蟲高效養(yǎng)殖與利用全國重點實驗室獲悉,實驗室代方銀教授團隊取得最新科研成果——“數(shù)字家蠶”共享分析平臺,對于推動家蠶泛基因組成果在功能基因組、基因組選擇和分子設計育種等方面的研究應用具有重要意義。相關研究成果近日在國際學術期刊《核酸研究》在線發(fā)表。

在現(xiàn)代蠶學研究和育種實踐中,泛基因組序列和多組學數(shù)據(jù)已經(jīng)成為科學家手中不可或缺的基礎資源,可以縮短研究和育種的時間,顯著提高工作效率。然而,多組學大數(shù)據(jù)的整合分析和使用具有成本高、技術難度大的特點。

代方銀介紹,分析平臺不僅涵蓋家蠶基因序列信息,還整合了家蠶基因表達、調(diào)控、功能研究等數(shù)據(jù),提供了開展比較基因組和功能基因組等方面研究的分析工具。

科技快報 | 我國科研團隊建成“數(shù)字家蠶”共享分析平臺

Δ“數(shù)字家蠶”共享分析平臺數(shù)據(jù)和功能示意圖。(受訪者供圖)

這是繼2022年該團隊發(fā)布家蠶超級泛基因組圖譜后,推動創(chuàng)建“數(shù)字家蠶”取得的又一重大進展。分析平臺整合了家蠶泛基因組序列及多組學數(shù)據(jù),將一個具有上千個種質(zhì)資源的線下實體基因資源庫轉(zhuǎn)化為組學序列數(shù)據(jù)庫并搬上互聯(lián)網(wǎng),實現(xiàn)種質(zhì)資源基因組、遺傳變異及表型等數(shù)據(jù)的開放共享和可視化分析。

“我們將它比喻為一部智能、高效的家蠶基因‘數(shù)字字典’或超級‘圖書館’,研究人員能在這里快速獲取家蠶基因組相關信息。”西南大學資源昆蟲高效養(yǎng)殖與利用全國重點實驗室博士后陸昆鵬說。

來源:新華網(wǎng)

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